D’emblée les premières œuvres de Claisse témoignent d’un langage pictural résolument abstrait, mêlant formes géométriques et couleurs élémentaires. Pour elle, la représentation non-figurée est un moyen d’expression du monde.
En 1958, elle rejoint son mentor dans le mouvement Abstraction Création et, en 1960, participe au Salon de Mai en exposant des toiles qui posent les fondements de son style. L’année suivante, Claisse est exposée à la galerie Denise René à qui elle restera fidèle jusqu’à la fin de sa vie. Les années 1960 marquent les débuts de sa reconnaissance avec notamment deux séries : celle des triangles noirs et blancs et celle des cercles de couleur. Son langage artistique est de plus en plus singulier et se détache d’Auguste Herbin et Piet Mondrian.
En 1967, Claisse est exposée au Musée des Beaux-Arts de la Chaux-de-Fond, où d’importants collectionneurs la remarquent. Dans les années 1970, Geneviève Claisse poursuit ses recherches sur les formes carrées et trapézoïdales, toujours au sein d’un vocabulaire forme très épuré. Plusieurs expositions en galeries ou dans des musées contribuent alors à affirmer son succès sur la scène artistique. Exposée au musée d’art contemporain de Caracas en 1980, Claisse fait l’objet de sa première grande rétrospective en 1989 au musée Matisse du Cateau-Cambrésis.