Adolescent, Auburtin se forme auprès de Théodore Dervilly puis intègre l’Ecole des Beaux Art de Paris. En 1893, après s’être marié avec Marthe Deloye, l’artiste part en voyage de noces en Italie pendant plusieurs semaines et, à cette occasion, découvre l’art de la Renaissance. A partir de 1897, Auburtin s’essaie au dessin de faune et de flore en se rendant régulièrement aux aquariums de Roscoff et de Banyuls, tout en multipliant ses voyages (Bretagne, Corse, Haute-Savoie…). Il en rapporte des peintures et des dessins de paysage influencé à la fois par les théories optiques des impressionnistes et par la douceur de la peinture symbolistes. Ses paysages étalent avec beaucoup de sensibilité des couleurs délicates et forment un espace pictural intime et palpable qui plongent le spectateur dans les promenades de l’artiste.

En 1907, il s’installe avec son épouse à Varengille-sur-Mer, séduit par les environs normandes. Son frère Jacques Marcel, architecte de profession, dessine les plans de sa maison. Bien qu’essentiellement connu pour ses paysages, Jean-Francis Auburtin réalise en parallèle de nombreux décors et répond à de multiples commandes. Marqué par Puvis de Chavannes, qu’il respecte et admire, Auburtin élabore des compositions aux paysages imprégnés de la lumière du soir ou du matin aux accents symbolistes. Comme chez Pierre Puvis de Chavanne, des créations d’Auburtin se dégage une forme de tranquilité qui pousse le spectateur à contempler des scènes dégagées de tout rapport au temps.

Progressivement, Auburtin se tourne définitivement vers le symbolisme. Ce mouvement aux contours peu délimités, qui s’exprime également dans la littérature ou au théâtre, regroupe des personnalités aussi diverses que Van Gogh, les Nabis, Gustave Moreau ou Emile Verhearen. Le symbolisme désigne avant tout une sensibilité post-impressionniste qui met la forme au service de l’idée représentée, et non plus du simple sujet. C’est ce qu’on retrouve chez Auburtin, surtout dans ses œuvres directement inspirées des estampes japonaises qui cherchent à dégager du sujet son caractère essentiel grâce au recours à une palette de couleurs acidulées et au cerne noir pour contourer les figures.

Jean-Francis Auburtin réalise une synthèse des courants artistiques du tournant du siècle. Il est en effet possible d’y retrouver non seulement l’influence de Puvis de Chavannes, mais aussi celles des écrivains symbolistes, de Rodin, son ami et voisin parisien à qui il rend visite régulièrement, ou encore de Monet, qu’il rencontre à deux reprises en 1896 et 1897 en Normandie au cours de promenades sur la côte. En 1900, sa réputation de peintre décorateur l’amène à participer à la réalisation du décor du célèbre restaurant le Train Bleu de la Gare de Lyon, construite à l’occasion de l’Exposition internationale. Le peintre réalise également des peintures en l’honneur de l’école de danse d’Isadora Duncan. Il meurt en 1930, à Varengille-sur-Mer.