Dès ses débuts comme peintre, Husain est très narratif. Intégrant dans ses compositions des figures héroïques – comme celle de Mère Térésa – ou mythologique, Maqbool Fida Husain file des histoires sur sa toile, qu’il décline en grandes séries thématiques. S’il se concentre sur la mise en valeur de personnages aux qualités atemporelles, voire épiques, le peintre n’hésite pas à intégrer dans ses compositions des motifs de la vie contemporaine du XXe siècle, tels que des éléments d’architecture indienne ou des traits rappelant le plan urbain de la ville de Bombay, le tout dans un registre tantôt humoristique, tantôt tragique, réfléchissant sur la place de l’homme dans le monde.
Par exemple, dans son œuvre Représentation allégorique d’un bestiaire indien qu’il peint en 1982, Maqbool Fida Husain représente un bestiaire asiatique en plein mouvement, plongeant le spectateur dans l’imaginaire et le fonds mythique de la patrie du peintre. Avec le mouvement PAG, il encourage dans les années 1940 les artistes indiens à se tourner vers le modernisme, et à opérer une rupture avec la peinture traditionnelle. En 1952, il tient sa première exposition personnelle, à Zürich en Suisse, donnant à sa carrière une orientation désormais internationale.
Quelques années plus tard, il reçoit le prix Padma Shri, attestant de sa renommée à l’échelle nationale. Assez vite, Maqbool Fida Husain est considéré comme une figure majeure de l’art indien moderne, ayant permis à la peinture nationale de trouver ses lettres de noblesse. En 1991, il reçoit un autre prix honorifique, celui de la Padma Vibhushan, confirmant une nouvelle fois l’importance de son œuvre aux yeux du gouvernement indien. Pourtant, en 1996, le peintre entre dans une polémique retentissante, au cœur de laquelle se trouvent certains de ses tableaux peints au cours des années 1970 à l’instar de Mother India. Bien que de confession musulmane, Maqbool Fida Husain ne s’est jamais limité, pour la composition thématique de ses tableaux, à l’iconographie de sa religion, mais au contraire a toujours puisé dans d’autres cultes. C’est ainsi qu’à partir des années 1990, certains partis de ces religions, tels que des représentants indiens de l’hindouisme, se sont offusqués de son utilisation de divinités religieuses dans des tableaux où ces dernières sont souvent représentées nues, ou intégrées dans des compositions à connotation politique. Après plusieurs polémiques, l’artiste décide de s’exiler pour échapper à la justice indienne et à des menaces de morts répétées, et à partir de 2006 partage son activité entre Dubaï et Londres.